今回の場合、遺産分割協議より長男の息子に相続させることはできます。

遺言者である父に代襲相続させる意思があったかわからない
場合には、先に長男が亡くなっていることにより、
遺言の「自宅の土地と建物は長男に相続させる」
という部分は効力が発生しません。

この場合、自宅の土地と建物は、
相続人である妻、次男、長男の息子が
法律に定められた割合で相続する(法定相続)か、
遺産分割協議によって、相続する者を決めることになります。

今回の遺言のように、相続人のうちの一人に
遺産を相続させるとする遺言を
「相続させる」旨の遺言と呼びます。

最高裁判所は、平成23年2月22日の判決で、
「相続させる」旨の遺言は、その遺言によって
遺産相続するはずだった人が
遺言者よりも先に死亡した場合には、
遺言者に、先に亡くなった人の代襲者などに
この遺産を相続させたいという意思があった
とわかるような特段の事情がなければ、
「相続させる」旨の遺言の効力は発生しない
としました。

もし、遺言をした後に、事情が変わって内容を
変更したい場合には、変更したい内容を、
もう一度遺言したほうがよいでしょう。

一度「長男に～」と遺言しても、遺言した人よりも
長男が先に亡くなると、当然には孫に相続させる
ことにはならないことに注意が必要です。

遺言を作成する際に、仮に遺言者よりも先に相続人が
亡くなった場合も想定して、「長男が遺言者よりも
先に死亡していた場合には●●に相続させる」等
予備的な文言を入れておくのもよいでしょう。